Ion Inochentie Micu Klein, episcop al Bisericii Unite din Transilvania, care a trăit între anii 1692-1768, întemeietor al Blajului românesc şi al şcolilor sale, deschide lupta politică naţională a românilor din Transilvania. Alături de I.I Micu Klein, corifeii Şcolii Ardelene au deschis o epocă nouă în viaţa românilor transilvăneni, epoca iluministă de redeşteptare naţională şi culturală (S. Micu, P. Maior, Gh. Şincai).

I. I. Micu Klein a pus piatra de temelie a şcolilor româneşti din Blaj, care îşi deschid porţile la 11 octombrie 1754.

Pe aceste idei prielnice s-au înfiripat evenimentele epocale: răscoala lui Horea, Cloşca şi Crişan; Programul politic Supplex Libellus Valachorum; luminile Şcolii Ardelene; revoluţia de la 1848; Memorandumul; Unirea de la 1 Decembrie 1918

Şcolile Blajului sunt cele mai vechi şcoli sistematice, de un grad mai înalt, cu limba de predare română din învăţământul românesc. Deschise în anul 1754 de către episcopul Petru Pavel Aron, ele au fost supranumite de către întemeietorul lor „fântâni ale darurilor”. în cadrul învăţământului blăjean, componenta didactică, de pregătire a învăţătorilor, a fost dominantă încă de la început, prin activitatea de pionierat a lui Gheorghe Şincai. După episcopul Petru Pavel Aron, un al doilea mare întemeietor de şcoli blăjene este mitropolitul dr. Vasile Suciu. Lui i se datorează cele mai impunătoare edificii şcolare din Blaj, situate pe strada Simion Bărnuţiu sau pe strada care-i poartă numele. Clădirea care găzduieşte actualmente Colegiul Naţional „Inochentie Micu Clain” a fost construită în perioada 1924-1929 (1929 fiind anul în care şi-a deschis porţile) din fonduri ce proveneau din donaţiile foştilor elevi ai Blajului (în semn de recunoştinţă), la care s-au adăugat contribuţiile Bisericii Greco-Catolice şi ale statului. Clădirea este cunoscută şi azi sub numele de „Institutul Recunoştinţei”.

• Între 1929-1948, aici a funcţionat Liceul de fete „Sfânta Ecaterina”., iar în clădirea de astăzi a Liceului Agricol funcţiona Liceul de băieţi „Sfântul Vasile cel Mare”. în 1948, Liceul „Sfântul Vasile” (de băieţi) şi Liceul „Sfânta Ecaterina” (de fete) au fost desfiinţate. în clădirea „Institutului Recunoştinţei” a continuat să funcţioneze şcoala Normală (pedagogică) de fete, iar din 1954, şi şcoala Medie Mixtă (din 1959 numită Liceul „Iacob Mureşianu”), continuatoare (continuator) a (al) fostului Liceu teoretic „Sfântul Vasile”.
• În 1977, Liceul „Iacob Mureşianu” devine Liceul Industrial cu profil mecanic, electrotehnic, şcoală profesională şi de maiştri. A redevenit liceu teoretic în 1990, iar din 1994, Colegiul Teoretic „Iacob Mureşianu”. Şcoala Normală (pedagogică) de fete a devenit Liceul Pedagogic (mixt) „Gheorghe şincai” Blaj, având în subordine şi clasele gimnaziale (V-VIII), precum şi clasele I-IV şi grădiniţa, ca şcoli de aplicaţie (de practică pedagogică) pentru elevii liceului pedagogic. Din 1994, devine Colegiul Pedagogic „Gheorghe Şincai”.
• Din toamna anului 1998, cele două colegii fuzionează, luând fiinţă astfel Colegiul „Inochentie Micu Clain”, cea mai mare unitate de învăţământ din judeţul Alba. în anul 1999, şcoala este ridicată la rangul de Colegiu Naţional.
• Începând cu anul 2020, Colegiul „Inochentie Micu Clain” a fost desemnată, în urma unui judicios proces de selecţie, derulat de Ministerul Educaţiei, şcoală pilot, experimentală şi de aplicaţie, conform Hotărârării Guvernului nr. 559/2020 privind funcţionarea unităţilor de învăţământ preuniversitar cu statut de unităţi-pilot, experimentale şi de aplicaţie conform Ordinului ministrului educaţiei şi cercetării nr. 4811/2020 privind aprobarea Metodologiei-cadru de înfiinţare, organizare şi funcţionare a unităţilor de învăţământ preuniversitar cu statut de unităţi-pilot, experimentale şi de aplicaţie, Ordinului ministrului educaţiei şi cercetării nr. 4813/2020 pentru aprobarea Regulamentului-cadru privind organizarea şi funcţionarea unităţilor de învăţământ preuniversitar cu statut de unităţi-pilot, experimentale şi de aplicaţie şi Ordinului ministrului educaţiei nr. 3654/2021 privind înfiinţarea, organizarea şi funcţionarea bazelor de practică pedagogică.
• Serviciile oferite în cadrul unităţii şcolare sunt diversificate. Astfel, în cadrul colegiului funcţionează două cabinete medicale (unul de medicină şcolară şi unul stomatologic), un cabinet logopedic şi unul de consiliere psihopedagogică. În sălile de clasă, cabinete, laboratoare, birouri există conexiune la Internet.